Existe una falta de indicadores e instrumentos comparables, especialmente de la prevalencia de las formas de violencia. Por lo tanto es difícil hacer comparaciones entre regiones.
Muchos estudios miden los procesos y los resultados pero no el impacto. Muchos también miden los cambios a nivel individual pero no a nivel de la comunidad.
Diferentes tipos de intervenciones (reformas políticas y legales, fortalecimiento de servicios de salud, seguridad y apoyo, movilización comunitaria, campañas de concienciación), y diferentes contextos requieren diferentes herramientas y métodos de evaluación.
Es difícil determinar las contribuciones específicas de las estrategias sobre un resultado o impacto observado, especialmente en las intervenciones complejas, multisectoriales o integrales.
En ciertas intervenciones es difícil definir qué es el éxito o cómo es.
Con frecuencia no se utilizan métodos estadísticos rigurosos.
Los planes de monitoreo y evaluación a menudo carecen de un marco conceptual claro y adecuado.
La interpretación de datos a menudo representa un desafío y requiere mucha destreza o que lo haga un experto.
Con frecuencia no se asignan suficientes recursos para el monitoreo y la evaluación que pueden representar entre el 10 y el 40 por ciento del presupuesto total, dependiendo de las metas y objetivos del programa, el alcance y tipo de intervención, y las actividades.
Ciertos métodos de evaluación que se usan comúnmente para determinar el impacto de las intervenciones pueden faltar a la ética en el contexto de violencia contra la mujer.
Ética y conducta: en todas las intervenciones y en todos los esfuerzos para supervisar y evaluar la situación de violencia contra la mujer, se debe dar prioridad absoluta a la protección de los derechos humanos y a la seguridad de las mujeres y las niñas.
La iniciativa de acción e investigación de la Asociación para los derechos de la Mujer y el Desarrollo (AWID) para desarrollar principios y herramientas para el monitoreo y la evaluación de programas para los derechos de las mujeres y equidad de género, publicó un ensayo preliminar: Captando el cambio en las realidades de las mujeres: Los retos de monitorear y evaluar nuestro trabajo (2009). Se puede ver un resumen de los rasgos más importantes de los desafíos mencionados en el ensayo.